Российские ученые разработали подход, позволяющий подобрать оптимальную методику извлечения ДНК из образцов морской воды и других сред обитания морских микробов для изучения их генетического многообразия и составления атласа микробных сообществ российской Арктики. Об этом сообщила пресс-служба "Сколтеха".

"Мы столкнулись с тем, что отработанных методик для выделения ДНК хорошего качества из таких образцов нет. Создавать какой-то протокол с нуля - очень долгая, дорогая и трудоемкая задача. Поэтому мы сфокусировались на готовых коммерческих наборах и проверили, какой из них может давать результат наилучшего качества для разных типов морских образцов", - пояснила младший научный сотрудник "Сколтеха" Дарья Слонова, чьи слова приводит пресс-служба вуза.

Ученые провели это исследование в рамках масштабного проекта "Сколтеха" и МГУ имени Ломоносова по составлению атласа микробных сообществ и изучению многообразия микроорганизмов России. В его рамках исследователи организуют экспедиции и собирают пробы грунта и воды в труднодоступных местах, выделяют так называемую метагеномную ДНК, ДНК всех микроорганизмов в пробах, и ищут новые антибиотики, вычленяя из метагеномов специальные биосинтетические кластеры.

Особый интерес для изучения, как отмечают исследователи, представляют морские микробы Арктики и северной части Тихого океана, которые до настоящего времени были относительно слабо изучены. Эти сложности связаны с отсутствием стандартизированных методик, позволяющих извлекать микробную ДНК высокого качества из образцов морской воды и других сред обитания арктических бактерий.

Российские ученые изучили, можно ли использовать для этих целей восемь популярных наборов реагентов, применяемых для выделения чистой ДНК из образцов и ее последующего изучения. Эти наборы исследователи использовали для анализа образцов грунта, собранных со дна Кольского залива, а также проб воды из одного из прудов в Сколково и микрофлоры устриц вида Crassostrea gigas, обитающих в бухте Мелководная в окрестностях Владивостока.

Эти опыты помогли подобрать оптимальный набор реагентов для каждого типа изучаемых биоматериалов, а также определить то, какие формы микробов успешнее всего выявлял каждый из восьми изученных наборов реагентов. Данные сведения, как надеются исследователи, ускорят составление атласа микробных сообществ России, а также помогут российским и зарубежным ученым более активно изучать метагеномы морских микроорганизмов.

https://nauka.tass.ru/nauka/19637883