Если бы управляющий рыболовством мог знать только одну вещь о видах рыб, это должна быть продолжительность жизни. Но многие виды проживают свою жизнь во временных масштабах гораздо дольше, чем мы можем наблюдать. И даже недолговечные виды неплохо прячутся в море.

Вот почему исследователи разработали модель для прогнозирования продолжительности жизни любого вида рыб. Это очень разнообразная и многочисленная группа. Одни только костистые рыбы включают около 30 000 видов, около половины всех позвоночных. Все, что нам нужно знать, чтобы предсказать продолжительность жизни любого вида рыб, — это последовательность генома отдельной особи.

Известная продолжительность жизни видов рыб варьируется от менее одного года для карликового бычка до почти 400 лет для гренландской акулы. Однако геном гренландской акулы еще не секвенирован, поэтому мы не можем сказать вам наверняка.

Доктор Алисса Бадд является постдоком нашей научной платформы Environomics Future Science Platform (FSP). Она сказала, что продолжительность жизни можно использовать для оценки устойчивых урожаев, риска исчезновения и даже потенциала вторжения видов вредителей.

«Например, мы знаем, что долгоживущим видам, скорее всего, потребуется много времени, чтобы достичь половой зрелости. У них меньше потомства, и они больше вкладывают в это потомство. зная продолжительность его жизни, — сказала Алисса.

«Проблема в том, что мы не знаем продолжительность жизни большинства видов рыб. И эмпирические правила, которые обычно работают для млекопитающих, например, маленькое тело означает короткую продолжительность жизни, у рыб гораздо сложнее. Даже у близкородственных видов продолжительность жизни может сильно различаться. Например, продолжительность жизни различных видов морского окуня может варьироваться от 10 до более 200 лет».

Наряду с продолжительностью жизни, для управления видами важно знать фактический возраст особей в популяции. Вот почему ранее наш Environomics FSP разработал вычислительную модель для прогнозирования продолжительности жизни млекопитающих и других позвоночных, а также тест ДНК для определения возраста отдельных рыб с использованием лишь крошечного кусочка ткани плавника.

Модель прогнозирования продолжительности жизни использует последовательность генома вида, просеивая комбинации A, G, C и T, чтобы подсчитать количество последовательностей C-G в промоторах генов. Это участки ДНК, которые определяют, станет ли ген активным или нет. Последовательности CG действуют как переключатели включения/выключения, а количество переключателей CG связано с тем, насколько медленно стареет вид.

Алисса и ее команда из CSIRO и Университета Кертина теперь расширили модель продолжительности жизни, чтобы более точно применять ее к рыбам. Их исследование опубликовано в журнале Molecular Ecology Resources.

«Мы добавили в модель еще сотни видов рыб. Мы также использовали последовательности промоторов генов, специфичные для рыб. Потому что эти области может быть трудно найти в геноме, если вы пытаетесь сопоставить их с отдаленно родственными видами», — Алисса. сказал.

«Мы обучили нашу модель на видах рыб с известной продолжительностью жизни. И теперь мы можем поместить в модель геном любого вида рыб, чтобы оценить их продолжительность жизни. «Большинство геномов доступны онлайн в общедоступных базах данных, и за последние несколько лет был опубликован взрыв геномов видов. Нам нужен только один геном практически любого качества, чтобы предсказать продолжительность жизни вида».

https://phys.org/news/2023-05-lifespan-fish-species-genome-sequence.html